国家重点实验室（1 个）

·精密测试技术及仪器国家重点实验室（2007/2012/2017 年评估为优）

国家工程研究中心（1 个）

·光盘系统及应用技术国家工程研究中心

教育部重点实验室（3 个)

·智能微系统教育部重点实验室

·高精度导航技术教育部重点实验室

·光子测控技术教育部重点实验室

北京实验室（1 个）

·生物医学检测技术及仪器北京实验室

校内跨学科联合中心（3 个)

·清华大学导航技术工程中心

·清华大学类脑计算研究中心

·清华大学微米纳米技术研究中心

校企联合科研机构（2个)

·清华大学（精仪系）－中电海康集团有限公司类脑计算联合研究中心

·清华大学（精仪系）- 北方激光研究院有限公司先进激光技术联合研究中心