国家重点实验室(2 个)
・精密测试技术及仪器全国重点实验室
(2007/2012/2017 年评估为优)
・时空信息精密感知技术全国重点实验室
国家工程研究中心(1 个)
・光盘系统及应用技术国家工程研究中心
教育部重点实验室(3 个)
・智能微系统教育部重点实验室
・高精度导航技术教育部重点实验室
・光子测控技术教育部重点实验室(在建)
北京实验室(1 个)
・生物医学检测技术及仪器北京实验室
校内自主批建科研机构(3 个)
・清华大学导航技术工程中心
・清华大学类脑计算研究中心
・清华大学微米纳米技术研究中心
校企联合科研机构(3个)
・清华大学-中电海康集团有限公司类脑计算联合研究中心
・清华大学(精仪系)- 北方激光研究院有限公司先进激光技术联合研究中心
・清华大学 -北京航天测控技术有限公司高端分析测试仪器联合研究中心