国家重点实验室（2 个）

・精密测试技术及仪器全国重点实验室

（2007/2012/2017 年评估为优）

・时空信息精密感知技术全国重点实验室

国家工程研究中心（1 个）

・光盘系统及应用技术国家工程研究中心

教育部重点实验室（3 个)

・智能微系统教育部重点实验室

・高精度导航技术教育部重点实验室

・光子测控技术教育部重点实验室（在建）

北京实验室（1 个）

・生物医学检测技术及仪器北京实验室

校内自主批建科研机构（3 个)

・清华大学导航技术工程中心

・清华大学类脑计算研究中心

・清华大学微米纳米技术研究中心

校企联合科研机构（3个)

・清华大学－中电海康集团有限公司类脑计算联合研究中心

・清华大学（精仪系）- 北方激光研究院有限公司先进激光技术联合研究中心

・清华大学 -北京航天测控技术有限公司高端分析测试仪器联合研究中心